Devítiletá Elisabeth se na letní prázdniny vrací ke své rodině žijící ve výzkumné stanici uprostřed amazonského deštného pralesa, její tatínek zde totiž pracuje jako kartograf a odborník na džungli. Brzy po jejím příjezdu tatínek spadne ze žebříku, potřebuje ošetřit a maminka jej tedy musí odvézt do nemocnice. Elisabeth se nabídne, že se mezitím postará o svého malého a hodně neposedného bratříčka Lea. Jenže to ji moc nebaví a místo hlídání má raději nos zabořený do knížky. Když se za chvíli konečně rozhlédne, zjistí, že se Leo zatoulal do džungle. Musí ho najít a přivést domů dříve, než se rodiče vrátí. Tak začíná její dobrodružná cesta tajemnou a neznámou džunglí. Během ní dokáže překonat svůj strach, najít bratříčka a poznat nového kamaráda. Děti společně zvládnou přechytračit trojici nebezpečných pytláků, kteří v deštném pralese chytají vzácné druhy zvířat. Dostanou se až na mystickou Ďáblovu horu, kde jim v boji s pytláky pomůžou členové tajemného kmene, a také jejich nový zvířecí parťák Chlupáč, který patří k dosud neobjevenému druhu obyvatel džungle.
Animovaná dobrodružná komedie Tajemství džungle vznikla ve spolupráci českých, lotyšských a polských tvůrců, českou stranu zastupovala produkční společnost Hausboot Production, v níž vznikl i populární animovaný film Myši patří do nebe. Významnou část české výroby filmu zajistilo zlínské studio Kouzelná animace.